1541-ben a reformáció áldozata lett mind a templom, mind a kolostor. 1633-ban Sennyei István győri püspök (1630-35) rendelkezése nyomán kezdték meg a felújítást. Két évvel később került sor az Egyház - ahogy akkor a templomot nevezték szép magyar nyelven - felszentelésére, melyről az okirat a gyóntató szobában tanúskodik. A szenteléskor elhangzott beszéd szövege ekképpen olvasható: "Én, Sennyei István püspök, II. Ferdinánd uralkodó király kancellárja, felszentelem ezt a templomot, amelyet kb. 100 esztendő romjai után Isten segítségével újjá építtettem hozzá csatolván a templomhoz a kolostort, mivel a hagyomány szerint a kettő összetartozott. A monostort a mindenható Istennek, a dicsőséges Szűz Máriának, Szent Erzsébetnek, II. András király leányának, a szegények pártfogójának tiszteletére a ferenceseknek adta... Tatabánya–Bánhida – Szent Mihály plébánia - Székesfehérvári Egyházmegye. Kelt Szombathelyen 1634. augusztus 2-án. " 1639 után a kolostor lakóit "Szent Eörzsébet Assoni kalastromban leuő Franciscanus barát"-ként emlegették. 1677-től gyakoriak voltak a munkálatok a kolostoron és a templomon.
Kedd: 7. 00 / Péntek: 17. 00 Szombat: 17. 00 (vasárnap előesti mise) Vasárnap: 11. 30 Irodai nyitva tartás: hétfő, szerda, péntek: 10-12 és 14-16 kedd, csütörtök: 10-12 és 14-18 Telefon: +36208232154 Árpád-házi Szent Erzsébet plébánia bankszámlaszáma: 11735005-20505002 adomány és egyházi hozzájárulás befizetéséhez
1927-ben kezdték meg a nagy építkezést, majd 1935-ben folytatták a keleti szárny bővítésével, mivel a Trianoni békediktátumot követően a Felvidékről (Nagyszombat) ide költözött a ferences rend hittudományi főiskolája. 1945-ben kb. 500 embernek nyújtott menedéket a megszentelt épület. 1950. július 11-ig élhettek a kolostor falai között a szerzetesek, ekkor ugyanis elhurcolták őket. A lelkipásztori szolgálatot a szombathelyi egyházmegyére bízták. 1950 és 1989 között a Vakok Intézete működött a több évszázados falak között. Időközben több átalakítás történt az épületegyüttesen. Az egykori főiskola részéből Assisi Szent Ferenc Kollégium lett főiskolás hallgatók számára. Budapest-Pestszenterzsébeti Szent Erzsébet főplébánia - Esztergom-Budapesti Főegyházmegye. 1989 óta újra Szent Ferenc fiai lakják a régi kolostort és végzik a lelkipásztori munkát. 1990-93 között P. Sill Aba tartományfőnöksége alatt itt volt a Marian Provincia központja is. A templom kapuja fölött látható az alapító Sennyei püspök címere. A gótikus templom belső tere igen értékes, s különböző stílusjegyek nyomait viseli.
Templom: 3200 Gyöngyös, Fő tér Plébánia: Gyöngyös Felsőváros Római Katolikus Főplébánia 3200 Gyöngyös, Szent Bertalan utca 3. Adószám:19921756-2-10 Tel: +36-37/311-143 Iroda nyitva tartása: Munkanapokon Hétfő - péntek: 9:00 - 12:00 15:00 - 17:00 Plébános: Balog Gyula Káplán: Barta Márton István Thiago Jackson Pinheiro Costa Kántor-karnagy: Fülöp Arnold Plébánia irodavezető: Török Julianna Plébánia gondnok: Hitoktató konzulens: Sekrestyés: Karitász: Kórházi beteglátogatók: Csefán Mihályné Erzsébet Szent Bertalan Alapítvány: Adószám: 19134484-1-10
00-17. 00-ig, szerdán és pénteken 10. 00-13. 00-ig irodai időnk van.