A Mortal Kombat 3 -ban (1995) Sub-Zero és Lin Kuei klántársa, Smoke megpróbál megszökni a klánjukból, miután azok elkezdik átalakítani a harcosaikat kiborgokká, de az utóbbit végül mégis elfogják és átalakítják, Sektor és Cyrax mellett; az előbbiről köztudott, hogy a saját céljaira kisajátította Sub-Zerót. A három Cyber Lin Kuei nindzsát arra programozták, hogy levadásszák és kiirtják Sub-Zerót, aki ekkorra már látomást kapott Raidentől, és beleegyezett, hogy csatlakozik az új fenyegetés elleni lázadáshoz. [2] A jelenlegi Sub-Zero mellett az Ultimate Mortal Kombat 3 (1995) és a Mortal Kombat Trilogy (1996) tartalmaz egy nem kanonikus játszható karaktert, a "Classic Sub-Zero"-t. Életrajzában az áll, hogy bár azt hitték, hogy az első Mortal Kombat verseny után meghalt, de visszatért, hogy megölje Shang Tsungot. [3] A befejezésében azonban az áll, hogy ő nem Sub-Zero, hanem egy ismeretlen harcos, aki hiányzott az előző versenyről. [4] A Mortal Kombat 4 -ben (1997) Raiden ismét megidézi Sub-Zerót, hogy segítsen megvédeni a Föld birodalmát, ezúttal Shinnok ellen.
Egyelőre nem állt hatalmában visszaszerezni az ereklyét, de nem is volt szüksége rá. A palotájában tárolt több olyan tárgyat is, amikben ilyen esetekre eltárolt magának némi mágikus erőt, és azok elegendőek voltak a számára, hogy hozzálásson a bukása esetére felállított vészterve előkészületeinek. Első lépésként felvette a kapcsolatot Daegon nal, a földi Vörös Sárkány nevű bűnszervezet vezetőjével, akivel korábban már szövetkezett jelentéktelenebb dolgokban. Pár év alatt sikerült ismét az édeniából származó félisten bizalmába férkőznie, miközben távolról figyelte a többi birodalom eseményeit. Amikor azokban teljesen eluralkodott a káosz, és ismét felbukkant az egyik legfontosabb elem is a tervében, a tűzelementál, Blaze, Shinnok munkához látott. Felébreszttette Blaze-zel Deagon testvérét, Taven t, rávette a földi harcosokat, hogy egyesüljenek egy általa kitalált fenyegetés ellen, ismét a szolgálatába állította az időközben kiszabadult és újra elbukott Quan Chit, és Onaga, a feltámadt Sárkánykirály maga mellé állításával egy egységbe kovácsolta a Sötétség erőit.
[5] Eközben Sub-Zero Scorpion ellen harcol, akit Quan Chi rászedett, hogy azt higgye, a Lin Kuei harcos ölte meg a családját. [6] A Mortal Kombat: Deadly Alliance -ban (2002) Sub-Zero legyőzi Sektor-t a Lin Kuei vezetéséért folytatott harcban. Megismerkedik tanítványával, Frosttal is, és magával viszi, hogy a Föld birodalmának harcosai oldalán harcoljon Shang Tsung és Quan Chi szövetsége ellen. [7] A Mortal Kombat: Deception -ban (2004), Sub-Zero csatlakozik Shujinko harcos csoportjához, hogy legyőzzék az új fenyegetést Onaga sárkánykirály személyében, valamint hogy szembeszálljanak Noob Saibottal. A Deadly Alliance-ban és a Mortal Kombat: Unchained -ben (2006) is Sub-Zero küzd Frost ellen a Lin Kuei vezetéséért, és győztesen kerül ki belőle. [8] [9] A Mortal Kombat: Shaolin Monks (2005) című játékban, amely a Mortal Kombat II feldolgozása, Sub-Zero először főellenségként jelenik meg, majd egy rövid időre szövetkezik a főszereplőkkel, Liu Kanggal és Kung Laóval, amikor a bátyját keresik.
Az emberek időszámítása szerint XX. század második felében végül Quan Chi sikerrel járt, és egy csellel rávett egy földit, Sub-Zeró t, hogy szerezze meg neki Shinnok Amulettjét, amit a nekromanta át is adott az urának. Az átejtett nindzsa azonban látszólag visszalopta azt tőlük pár nappal később, Shinnok azonban akkor már tudta, hol van az ereklye, és az Árnyéktestvériség orgyilkosai segítségével visszaszerezte azt. Így már nekikezdhetett a visszatérése előkészületeinek. Legelső célpontja azonban nem a Föld volt, hanem Édenia. Az éden birodalma alig öt éve nyerte még csak vissza a függetlenségét Shao Kahn, a Külső Világ császárának uralma alól, és még nem szilárdította meg eléggé a saját helyzetét ahhoz, hogy felkészülhessen egy nagyszabású külső támadásra. Shinnoknak pár tábornoka segítségével alig egy éjszaka alatt sikerült elfoglalnia a királyi palotát, hogy aztán oda berendezkedve irányítsa a birodalom feletti hatalomátvételt és a Föld ellen indítandó támadás előkészületeit. Raiden azonban ismét megakadályozta őt ebben.